半夜肠炎肚子疼可以从以下几方面进行处理：暂时禁食水，腹部保暖，可以进行腹部热敷，缓解腹痛症状。如果患者是由于吃了不干净的食物引起的肠炎，可以给患者服用抗生素进行抗感染治疗，同时还可以服用一些补充益生菌的药物，改善肠道内环境。可以同时配合服用H2受体阻断剂进行治疗，缓解腹痛症状。如果经过上述处理后，患者的腹痛症状不见好转，同时伴有严重的腹泻和恶心、呕吐等症状，建议化验便常规和血常规，根据化验结果进行治疗。腹泻严重的患者需要进行补液治疗，防止发生脱水。