祁连山位于中国西北部，横跨青海、甘肃两省区，主要位于青海省西北部和甘肃省南部。具体来说，祁连山东起甘肃省会兰州市境内的永登县，向西穿过甘肃省会兰州市、青海省西宁市、海北藏族自治州、海南藏族自治州、果洛藏族自治州、玉树藏族自治州，最终结束于青海省果洛藏族自治州玛沁县和治多县交界处。