肺脓肿的致病菌不同用药不同。吸入性肺脓肿多合并厌氧菌感染，一般均对青霉素敏感，仅脆弱拟杆菌对青霉素不敏感，但对林可霉素、克林霉素和甲硝唑敏感。血源性肺脓肿多为葡萄球菌和链球菌感染，可选用耐β-内酰氨酶的青霉素或头孢菌素。MASA感染应选用万古霉素或替考拉宁或利奈唑胺。如果阿米巴原虫感染，则用甲硝唑治疗。如为革兰阴性杆菌，可选用第二代或第三代头孢菌素、氟喹诺酮类抗生素，可联合氨基糖苷类抗生素。抗生素疗程一般为6-8周，或直至x线胸片示脓腔和炎症消失，仅有少量的残存纤维化。