子宫内膜异位症最主要的症状为继发性进行性的痛经，即以往没有痛经的情况，但是随着子宫内膜异位严重程度的增加，痛经会越来越严重。也有一部分患者没有比较明显的痛经，但是在月经期会出现腰部酸痛以及下腹坠胀的情况。另一个子宫内膜最明显的症状为不孕，子宫内膜异位症有可能会导致不孕，约有40%左右的人会伴随有不孕的情况。