巧克力囊肿比较小的情况下，可以选择保守治疗，但是保守治疗也要看病人的适应症。大部分情况下，已经明确为巧克力囊肿，大小都在5个公分以上，都是建议手术治疗的。手术治疗的目的是切除移位的囊肿病灶，恢复正常的解剖关系。适用于应用药物治疗以后，症状没有缓解，局部病变越来越严重，或者是药物治疗以后，不能正常生育的一部分患者。在手术方式上，现在都会选择腹腔镜手术，手术以后配合药物治疗。