指甲盖凹陷，可能有以下原因引起：一、慢性甲营养不良。由于营养不均衡或者是其他的原因引起指甲吸收营养的能力下降，导致指甲营养不良，会表现为指甲盖凹陷。二、真菌感染。三、如果患有慢性湿疹、扁平苔藓、银屑病等皮肤类疾病，也可能引起指甲盖凹陷。