工程居间合同纠纷的处理方法众多，具体可以归纳为以下几点：一、当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷;二、要求有关机构调解;三、向仲裁机构申请仲裁;四、起诉到法院，寻求司法解决。