真菌性毛囊炎的治疗，在临床上主要是进行抗真菌治疗的。通常情况下，根据真菌性毛囊炎的具体临床表现，可以使用一些相应的药物，主要以外用药物为主，通常情况下可以外涂复方酮康唑香波，或者是外涂二硫化硒洗剂等进行治疗的，也可以外涂磷苯苄唑乳膏治疗或者是使用5%~10%的硫磺软膏治疗的。患者出现的毛囊炎的炎症反应比较明显的，也可以适当的配合口服一定的抗组胺药物治疗，通常情况下可以口服第2代的抗组胺药，比如盐酸左西利嗪或者是氯雷他定等。也可以适当的配合口服一定的中成药进行治疗，比如，可以适当的口服防风通圣颗粒等。