如果运输发票没有填写备注，通常情况下不会影响发票的有效性和使用。但如果在后续的使用过程中需要对发票进行查询或者核对，没有备注可能会增加查询的难度和耗费更多的时间和精力。

此外，如果在发票上漏填重要的信息，比如货物名称、数量、价格等，可能会导致后续的结算出现问题，影响财务的正常运转。因此，建议在填写发票时，尽可能详细地描述货物信息，并填写必要的备注，以便于后续的管理和使用。