卵巢囊肿是否会自行消失，需要根据卵巢囊肿的性质进行决定。一般卵巢囊肿分为生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿。生理性的卵巢囊肿，多可以自行消失，病理性的卵巢囊肿会长期存在，而且还可能会逐渐增长。生理性的卵巢囊肿，多是由于未破裂的卵泡或者月经前内分泌失调引起的黄体囊肿，这种囊肿会在来月经后自行消失。病理性的卵巢囊肿，如果增长到5cm以上，或者是囊肿比较小时患者出现不适症状，可以进行手术治疗。