迟到一分钟扣一天的工资如果是公司的规章制度的话，那么是合理的，因为扣一天的工资是没有超过月工资的20%的，我国的法律并没有明确规定公司是不能够因为员工迟到扣工资的，具体的得看公司的规章制度是否合法，只要是合法的，那么就是不违法的，如果觉得单位违法可以申请劳动仲裁。