真菌感染：对人类有致病性的真菌也有300多个。除新型隐球菌外，医学上有意义的致病真菌几乎都是霉菌。根据人体部位的不同，临床上可以将致病真菌分为浅部真菌和深部真菌。真菌性肠炎即属于深部真菌病；浅部真菌，仅仅侵犯皮肤、毛发和指甲，而深部真菌能够侵犯人体皮肤黏膜、深部组织和内脏，甚至会引起全身播散性的感染，深部真菌感染肠道疾病即为真菌性肠炎，可独立存在，如婴儿念珠菌肠炎或者是全身性真菌感染的表现之一，比如艾滋病并发播散性的组织胞浆病。