慢性肠胃炎的治疗首先要建立在正确的诊断的基础上，针对病因给予治疗，针对症状给予对症的处理。由于个体差异比较大，而且诊断的不同，用药不存在着最快，最有效，最好的。对于肠道菌群失调所导致的慢性肠胃炎，可给予补充肠道益生菌如地衣芽孢杆菌，复合乳酸菌，双歧四联活菌等。对于溃疡性结肠炎，可给予氨基水杨酸类的药物的处理。对于肠结核尽早开始规范的抗结核的治疗，如出现上腹部疼痛，可给予解痉药物的处理，出现反酸，嗳气等可给抑制胃酸分泌常用的有奥美拉唑等。对于上腹部饱胀不适可给予胃肠动力的药物，如依托比利的处理。