有新生儿病毒性肠炎的时候，如果有发烧，腋温高达38.5摄氏度或者更高，可以吃退烧药退烧或者洗热水澡，用温水擦洗体表，此时可以吃抗病毒的中成药，例如板蓝根颗粒，此时没有细菌感染，不需要使用抗生素。腹泻明显的时候，可以吃蒙脱石散改善腹泻症状，可能需要吃补锌的药物以及药品级的益生菌；如果有明显的脱水，还需要及时补水，需要监测血电解质以防出现紊乱；如果食欲明显减退，还需要加强喂养，必要的时候需要静脉补充能量和营养。