尿道结石的治疗需要根据结石的大小、形状、所在部位和尿道有无狭窄而定。较小的尿道结石可经过尿道灌注液体石蜡后通过排尿，促进其排出或者是挤出，或者是经过尿道镜钳出。舟状窝内结石，小的可用镊子取出，大的可通过尿道外口者，可将结石钳碎或者是麻醉后切开尿道外口后取出。在尿道前端的结石，可先向尿道内注入润滑剂，在皮肤外慢慢的将结石推向尿道口。阴茎部的尿道结石要避免做尿道口切开取石，因为术后很容易产生尿瘘。后尿道结石可先用金属探子将其推入膀胱内，再行经尿道口超声，或者是机械碎石术。如果结石较大或者是经过上述处理无效者，应该采用开放性的手术治疗，根据结石所在的部位以及有无并发症，选择不同的手术入路。舟状窝结石可经过尿道外口切开取出。球部的尿道结石采用经会阴取石术。后尿道结石则多选择耻骨上经过膀胱尿道取石术。合并尿道憩室或者是尿道狭窄应该同时处理，切除尿道憩室或者是狭窄段解除梗阻。