长期应用避孕药的危害，具体如下：1、对糖代谢的影响，与避孕药中的雌激素、孕激素成分，以及剂量有关系，使用避孕药可能会出现糖耐量的改变。2、对脂代谢的影响，可能会导致高密度脂蛋白降低，所以有心血管疾病，且存在潜在因素的女性，比如年龄较大、长期吸烟、有高血压等心血管疾病的女性，不宜长期用避孕药。3、避孕药对心血管也是有影响的，大剂量的服用、长期的使用，可以增加卒中、心肌梗塞的发病概率。4、雌激素可使凝血因子升高，使用较大剂量的雌激素，可发生血栓性疾病。