多囊肾肾结石可以采用体外冲击波碎石或者手术进行治疗。多囊肾肾结石的治疗方法主要取决于结石的位置，结石的大小，如果在肾结石很小的情况下，可以采用保守的药物方法进行治疗，比较常用的药物有阿托品等等，平常可以多喝一些热水，多做一些运动，勤排尿，不要憋尿，有助于结石的排出。如果结石比较大，而且形成了堵塞，这种情况下就需要进行手术治疗，或者体外冲击波碎石进行治疗。