不同病因导致的肛门肿痛，需要用的药物是不一样的。如果是由于感染导致的肛门肿痛，例如肛窦炎，或者是肛周脓肿等。这时需要使用抗生素进行治疗，例如头孢类抗生素，或者是青霉素类抗生素等。常用的药物有头孢氨苄，头孢呋辛，青霉素V钾片等，有时也需要外涂药物，例如碘伏溶液或者是莫匹罗星软膏等。如果考虑是由于痔疮所导致。这时需要停止饮酒，同时可以配合药物坐浴治疗。坐浴液可以选用稀释过的温高锰酸钾水，或者是医院配置的中药制剂等。如果是由于肛门生长肿物所导致。这时不单要用药，还需要进行手术切除。