肛窦炎患者有时表现为疼痛，时有灼热、刺痛，排便时因粪便压迫肛隐窝，还会使肛门部疼痛加重，初期不甚剧烈，如果肛门括约肌由于炎症刺激而引发挛缩，则疼痛可加剧，常常会出现短时间阵发性刺痛或疼痛，持续数小时，严重者可波及臀部及股后部。由于肛隐窝、肛门瓣的炎性水肿，有时会导致肛门闭锁不全，出现肛门潮湿、瘙痒。急性期常常伴有排大便困难，粪便常常带有少量黏液，通常在排便前流出，有时还会出现少量的便血，肛窦炎常常会引起肛周不适，有时会并发肛乳头肥大。