男性龟头上有小泡泡，可能的原因：一、疱疹病毒感染，感染以后可以出现龟头或包皮等部位的小疱。小疱体积较小，通常呈簇状分布，伴有周围的红肿小疱，破溃以后可以出现局部的糜烂，伴有明显的疼痛感，其后可逐渐结痂愈合。多通过不洁的性接触传播，感染以后可以出现反复发作，不能根治的特点，需要进行疱疹病毒的相关检测确诊。二、龟头炎，当发生各种类型的龟头炎，如真菌、细菌、滴虫等感染后，都可以出现龟头上有小疱。化脓以后出现脓疱的改变，伴有龟头的肿胀、疼痛，伴有龟头上红斑，形成出现有急性渗出等，需要进行相关病原学的检测确诊。患者多伴有包皮过长或包茎，或不经常清洗局部导致包皮垢堆积。