慢性肠炎可以选择抗结核药物，氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，还可以选择肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等。慢性肠炎，一般包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。炎症性肠病是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，需要做肠镜检查，明确诊断。