败血症的治疗药物，要根据引起败血症的致病菌来选择，如果是由于细菌感染导致的败血症，常用的药物有头孢类抗生素、青霉素类抗生素、喹诺酮类或者是氨基糖苷类抗生素。有些败血症患者需要联合使用抗生素，还有一些特殊细菌感染所导致的败血症，需要使用万古霉素进行抗感染治疗。如果是由于真菌所引起的败血症，可以使用抗真菌药物，包括氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B进行抗感染治疗。