肛窦炎的治疗一般分为非手术以及手术治疗，肛窦炎有时会合并肛乳头肥大，应当早期诊断，早期治疗。肛窦炎，以非手术治疗为主，如果反复发作，肛隐窝内有脓肿形成或伴有肛乳头肥大、瘘管，应当行手术治疗。非手术治疗包括提肛锻炼，平时经常收腹提肛，先收后提，每次20-30遍，每天2次。还可以应用红外线、微波、小功率激光，进行局部照射，抑制细菌的生长，促进血液循环，缓解症状，还可以应用中药熏洗以及中药保留灌肠。如果肛窦炎反复发作，还应当行手术治疗，可以行肛窦切开引流术。如果形成肥大肛乳头，还应当一并切除，切除后送检病理，定期门诊复查。