病毒性脑炎的治疗主要是早期诊断和及时规范用药治疗，主要包括抗病毒治疗，可以辅助以免疫治疗和对症治疗。目前抗病毒治疗常用的药物有阿昔洛韦和更昔洛韦；免疫治疗可以加用干扰素和转移因子调节免疫力；病情严重的患者可以加用肾上腺皮质激素减轻炎症反应，但这种治疗方案上有争议，有可能造成消化道出血、骨骨头坏死等后遗症；合并细菌感染的患者还需要加用抗菌素治疗；对症治疗包括加强营养，维持水电解质紊乱，预防出现消化道出血、下肢静脉血栓、褥疮等并发症。这种疾病多数在早期及时治疗后预后比较好，重症患者可以危及生命或者残留神经系统后遗症。