阴茎出现隐隐作痛的原因，先要考虑是外力损伤的因素，比如阴茎被异物磕伤或者手淫、性生活过程中粗暴用力，对阴茎造成损伤就会出现隐痛，还可能会导致局部红肿、破损。还跟前列腺炎、尿道炎等泌尿系统的病变有一定的关系，尿路结石也会导致隐隐作痛的现象。也有可能是不洁性生活之后，所引起的性传播的疾病，比如淋球菌性尿道炎、梅毒等，随着病情的发展还会出现排尿异常，以及阴茎红肿、糜烂等严重后果。也要考虑是包皮过长、包茎引起，阴茎是男性最重要的性器官，一旦出现这种隐隐作痛的表现，一定要引起重视，及时就医查找原因。