宝宝睡觉咳嗽的原因多考虑是分泌物增多刺激呼吸道、宝宝患有咳嗽变异性哮喘或者胃内容物反流刺激呼吸道。当宝宝睡觉时，副交感神经兴奋，其末梢释放的乙酰胆碱递质会使气道收缩、粘液分泌增多，并且抑制呼吸道纤毛运动，呼吸道分泌物越积越多，为了排出分泌物，宝宝机体会引发咳嗽反射。当宝宝患有咳嗽变异性哮喘时，宝宝可表现为接触刺激性气体或者灰尘、花粉时出现咳嗽，而无其他临床表现，有时咳嗽变异性哮喘可表现为夜间干咳。宝宝食管下段括约肌功能尚不成熟，当宝宝睡觉时，如果胃内容物反流也会刺激呼吸道引起咳嗽。