对于疱疹性病毒性角膜炎的药物治疗方法，主要选用抗病毒的药物，比如碘苷，主要适用于初次发病的病例，对于多次反复发作的病例，应该改用其他药物为宜，阿糖胞苷也有一定的治疗效果，但是对于正常的细胞毒性较大，故常用它的衍生物环胞苷，病毒唑为广谱抗病毒药物疗效一般比较好，而且对于正常细胞的毒性比较低，阿昔洛韦为有效的抗病毒药物，特别对于疱疹病毒有明显的抑制作用，所以在眼睛患有病毒性角膜炎以后，可以选择相应的以上药物进行治疗。其他的抗病毒药物如阿糖腺苷，三氟胸腺嘧啶核苷等等，也可以选用肾上腺皮质激素，因为肾上腺皮质激素有抑制角膜免疫反应和抗炎的作用，病毒性角膜炎，除了用药以外，还要滴用滴眼剂，一般可以使用的滴眼剂有阿昔洛韦滴眼液，更昔洛韦滴眼剂等，夜间涂抹更昔洛韦眼用凝胶。