肛门里面如果有疼痛的话，那么首先就是排除是不是有直肠粘膜下脓肿的情况，或者是有肛周脓肿的存在。另外也要排除是不是有直肠发炎或者是肛窦发炎的情况。出现了肛门里面的疼痛，先到肛肠科进行就诊，首先可以做一个肛门的指检，了解肛管直肠内部的情况。另外还可以考虑做直肠内超声的检查，或者是肛周核磁共振的检查，在诊断明确以后，及时的进行对症的治疗。如果是肛周脓肿或者直肠黏膜下的脓肿，那么是属于感染化脓性的疾病，是需要通过手术来进行治疗，在手术之后也要按时进行换药，防止术后的复发。如果是直肠发炎或者是肛窦的发炎，一般是以中药的保留灌肠为主。