大便是肛门疼的原因包括以下几点：1，大便时肛门疼考虑有肛裂的存在。2，不排除大便的时候内痔的部分发生了脱出，发生了回纳不及时会有缺血的形成，也会出现肛门的疼痛。3，有肛门周围脓肿或者是直肠粘膜下脓肿的情况，在粪便的刺激下也会发生肛门疼痛的情况。4，肠道内的息肉或者是肿瘤组织在大便的时候如果有脱出也会出现肛门的疼痛，尤其是在大便干燥的情况下比较容易造成肛门疼痛的情况。大便时肛门疼首先就是到肛肠科进行就诊，一般通过肛门局部的望诊、肛门指检、肛门镜的检查可以初步明确诊断，必要时还可以借助仪器进行相关的检查。