生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒HSV。90%的患者是由HSV-2型感染所引起的，HSV-1型多引起口唇部位的疱疹，也可通过口腔传播到生殖器。在性接触时，病毒可直接接种或通过局部的细小的裂隙进入易感者的皮肤粘膜。当HSV进入人体后，会在皮肤细胞内复制，引起局部的炎症、坏死，出现症状。当皮损消退后残留的病毒会潜伏在神经细胞中，在机体免疫力下降、月经前后、感冒发烧、外伤等情况下，病毒可被再次复制激活，从而又出现症状。