根据不同类型的鼻窦炎，最好的药物治疗方式也不相同。对于细菌感染导致的化脓性鼻窦炎，应该应用敏感类的抗生素，以第二代头孢和大环内酯类药物效果最佳，比如头孢呋辛、罗红霉素；结合黏液促排剂，能有效的促进鼻腔鼻窦的通气引流，比如切诺；辅助生理盐水冲洗鼻腔，能促进分泌物的流出，也能促进黏膜功能恢复。鼻腔内分泌物较少时可以使用糖皮质激素类的鼻喷剂，能减轻局部的炎症反应，也能起到抗过敏的作用。对于过敏反应导致的鼻窦炎，除了上述的治疗方法外，应该结合短期的抗过敏药物，比如氯雷他定。对于真菌性鼻窦炎，药物治疗一般是无效的，手术治疗是唯一的治疗方法。