肠外阿米巴病多继发于肠阿米巴病，由阿米巴滋养体随肠道经过血液和淋巴蔓延至远处的各个器官，偶尔也可直接侵袭到达各个器官，主要侵袭的部位有肝、脑、肺、皮肤等处。肠外阿米巴病主要包括阿米巴肝脓肿、阿米巴肺脓肿、阿米巴脑脓肿等，在心包、胃部、皮肤、泌尿生殖系统都可以出现肠外阿米巴疾病。治疗上主要是病原治疗，甲硝唑对阿米巴滋养体有较强的杀灭作用，且较安全，适用于肠内、肠外各型的阿米巴病，为目前抗阿米巴病的首选药物，其他的还有甲硝磺酰咪唑以及吐根碱等。