肺结核应该检查的项目包括血常规，血沉，结核抗体，PPD试验或者T-SPOT，痰涂片找抗酸杆菌，一般最少检查三次，痰结核菌培养，胸片或者肺部CT，肝功能，肾功能，血糖，血脂，乙肝两对半，丙肝抗体等检查。痰涂片找抗酸杆菌阳性或者痰结核菌培养阳性是确诊肺结核的依据。为提高痰菌检出率，应查痰三次以上。若痰菌阴性，可行支气管刷检或者支气管镜肺泡灌洗液查抗酸杆菌及结核分枝杆菌培养，可提高阳性率。对于痰菌阴性的肺结核患者，可结合血常规，血沉及结核抗体，PPD皮试，T-SPOT，X线或者肺部CT检查，结合患者的肺部CT或者胸片的病灶，形态，部位以及患者的临床症状，可拟诊肺结核，给予诊断性抗结核化疗后，如果病灶吸收消退，提示治疗有效，临床诊断肺结核可以成立，但需要排除其他非结核肺部疾病。此外，支气管肺泡灌洗液等的结核分枝杆菌DNA-PCR加探针检测呈阳性，或肺外组织病理证实结核病变均可作为诊断参考。对于痰菌阴性，X线检查表现不典型病例，行纤支镜检查对诊断常有助益，必要时行纤支镜活检及胸透或CT引导下经胸壁肺活检，均可提供重要的鉴别诊断依据和诊断依据。