极少数患者可以出现肺不张，支气管肺炎，肺气肿，门脉高压以及皮下气肿等。最严重的并发症，可以表现为百日咳脑病，表现为发热，抽筋，昏迷等，是由于脑缺氧，脑血管病变或颅内出血所致。百日咳是由百日咳棒状杆菌所引起的，儿童较常见的，发生于冬春季节的呼吸道传染性疾病。在临床上分为发热期，痉咳期和恢复期。在发热期，类似于普通感冒，表现为发热，咳嗽，流鼻涕等。到了痉咳期，突出的表现是持续时间较久的咳嗽，往往是昼轻夜重，咳嗽结束以后，伴有吸气样的鸡鸣声，在临床上是非常典型的。由于持续时间较长，称它为百日咳。到了恢复期，咳嗽，发热等症状基本恢复。