子宫内膜异位症主要病理变化是，异位内膜周期性出血及其周围组织纤维化，形成异位结节。痛经、慢性盆腔痛、性交痛、月经异常和不孕是其主要症状。病变可以波及所有的盆腔组织和器官，以卵巢、子宫直肠陷凹、宫骶韧带等部位最常见，也可发生于腹腔、胸腔、四肢等处。另外，子宫内膜异位至膀胱，则会有周期性尿频、尿痛、血尿；异位至腹壁瘢痕及脐部，则会有周期性局部肿块及疼痛；异位至肠道，可能会有腹痛、腹泻、大便坠胀或便秘，甚至有周期性少量便血。异位内膜侵犯和压迫输尿管时，可以引起输尿管梗阻，肾盂积水，可出现一侧腰痛和血尿，但极为罕见。