发病期间需要给新生儿服用益生菌，调整肠道菌群，恢复正常的肠道微生态，同时，如果出现了比较严重的腹泻，需要配合服用蒙脱石散进行止泻。如果新生儿肠炎，是由于大肠杆菌，空肠弯曲菌，以及革兰氏阴性杆菌感染，所引起的，需要应用头孢曲松输液进行治疗。如果是金黄色葡萄球菌，或者是化脓性链球菌，以及肺炎球菌等因素引起的，可以应用苯唑西林进行治疗，发病期间，一定要多注意保暖，避免腹部着凉。