早上起来咳黄痰，常常是由于上呼吸道感染或者肺部感染引起的症状，常见的病因是细菌性感染。建议完善血常规、C反应蛋白、胸部x线检查，必要时应该完善胸部CT检查，以便进一步明确病变部位。治疗上需要应用抗生素进行抗感染治疗，必要的时候要予以止咳、祛痰等对症处理。如果治疗过后没有明显好转，症状不能够得到改善，应当进行痰培养，明确感染的细菌，根据药敏试验选择合适的抗生素。