肾囊肿有些属于遗传性，在肾脏发育中形成。有些属获得性，由于毒素对肾脏的影响，可以在任何时候及肾脏的任何部位形成，它们在临床、影像学、形态学及形态发生方面都不相同：首先，单纯性肾囊肿，典型的肾囊肿为单腔，位于皮质，随年龄增长而增多。一般无症状，常在影像学检查或腹部体检时意外发现。罕见这些囊肿引起腹痛或季肋部疼痛，镜下或肉眼血尿，肾素依赖的高血压。单纯性肾囊肿呈良性经过，通常不需要治疗。其次，获得性肾囊肿为发生在终末期肾脏病（ESRD）时的肾实质囊状变性，临床上患者无症状，偶然出现并发症，如血尿、囊肿出血。一般囊肿破裂伴腹膜后出血、囊肿感染及腺瘤等，但并发肾脏恶性肿瘤较常见，需注意鉴别，以免漏诊。