治疗高低位肛瘘，可以通过药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，但不能彻底的治愈。如果想彻底的治愈高低位肛瘘，需要行手术治疗，通过探针探测，正确的寻找内口以及瘘管的走向，然后行手术治疗。如果是低位肛瘘，可以行肛瘘切除术，切开瘘管，并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合，如果创面比较大，可部分缝合、部分敞开。如果患者得了高位肛瘘，还可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫，缓慢的切开肛瘘，防止引起肛门失禁。