小便疼痛的原因如下：一、尿道炎，比如淋病和非淋菌性尿道炎，会导致尿道口部位出现脓肿、破溃，在小便时就可出现尿道口疼痛。二、泌尿系统感染疾病，当感染加重时，炎症会剧烈刺激黏膜组织，导致黏膜组织破溃、出血。在排尿时，尿液会刺激伤口部位，引起小便刺痛，通常还伴有排尿刺激征，比如尿频、尿急、尿痛，需要进行尿常规、尿液培养等检查确诊，然后使用抗生素类药物进行治疗。在治疗期间，要多饮水、多排尿。