在临床上，肛瘘患者应用的药物主要有以下几种。第一，抗生素，这是对于肛瘘的治疗最常用的药物，主要有头孢类抗生素或者硝基咪唑类抗生素，如果患者对头孢类抗生素过敏，还可以更换为喹诺酮类抗生素，经常应用的有头孢他啶，头孢氨苄，头孢地尼，奥硝唑，甲硝唑，替硝唑，氧氟沙星以及环丙沙星等等。第二，止痒药物，因为肛瘘会分泌很多的黏液或者脓液，引起肛周的潮湿瘙痒，一般会应用尤卓尔，皮炎平，派瑞松等等。第三，治疗腹泻的药物，因为频繁的腹泻会诱发肛瘘的发作，临床上经常应用蒙脱石散等等。第四，治疗便秘的药物，比如说麻仁丸，乳果糖口服溶液等等。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。