肛门肿疼，首先是需要明确诊断，根据疾病的种类进行吃药。如果是由于痔疮引起的肿疼，可以口服迈之灵片或者是羟苯磺酸钙，主要的目的就是促进水肿的消退。如果肿疼是由于肛周脓肿，或者是直肠黏膜下脓肿等感染化脓性的疾病，如果没有时间进行手术的治疗，可以吃抗生素药物进行对症的治疗，但是起不到根本性治疗的作用。如果肛门肿疼是由于发生皮脂腺或者是毛囊的感染，局部可以涂抹消毒剂，还可以同时涂抹红霉素软膏等药物，同时口服抗生素药物进行对症的治疗。如果有脓液形成，可以考虑切开引流。