治疗咳嗽最主要的问题是针对病因治疗。常见引起慢性咳嗽的病因有咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合症、嗜酸粒细胞性支气管炎、变应性咳嗽、胃食管反流性咳嗽。根据病史推测可能的慢性咳嗽病因，并进行相应的治疗。如患者主要表现为夜间或凌晨刺激性咳嗽，则先按咳嗽变异性哮喘进行治疗；咳嗽伴有明显反酸、嗳气、胸骨后烧灼感，则考虑胃食管反流的治疗；咳嗽伴鼻涕、鼻塞、鼻痒、频繁清喉及鼻后滴流者，应按感冒后咳嗽综合征来进行治疗。治疗咳嗽时优先考虑常见、治疗简单和见效快的病因，最后考虑少见病、疗程长和见效慢的病因，边诊断边治疗的方案适用于疾病特征不够典型或多种病因同时存在的情况。慢性咳嗽大多是非感染性，不需要抗生素治疗，如果咳嗽咳脓痰或流脓鼻涕，建议应用抗生素治疗。