阴茎上有疙瘩通常比较常见的原因包括阴茎根部的毛囊炎或者海绵体硬结症。阴茎根部的毛囊炎通常好发于毛囊比较丰富的部位，通常是在阴茎的根部，可以见毛囊周围的红肿、瘙痒、疼痛，伴有斑疹或者颗粒状疙瘩等临床表现。阴茎海绵体硬结症目前病因并不是十分的清楚，在于感染、创伤以后出现的局部海绵体结节硬化，通常可伴有疼痛或者勃起后阴茎弯曲等临床表现。因此，对于阴茎海绵体硬结症通常需要进一步完善检查以明确。其它的阴茎的疙瘩结节通常也有可能是一些性传播疾病，如尖锐湿疣所引起。