阿卡波糖的副作用主要是有第一会导致腹胀，腹泻甚至胃肠道反应，由于阿卡波糖主要属于阿尔法糖苷酶抑制剂，所以有些人群服用后会明显的感觉到腹部排气增多以及腹胀以及腹痛，恶心，呕吐等症状的出现。其次，阿尔法糖苷酶抑制剂，阿卡波糖或伏格列波糖等都会有明显的导致恶心，呕吐，腹痛，腹胀等作用的。另外，出现低血糖后，一般建议服用糖块儿或者单糖葡萄糖来缓解低血糖，避免进食碳水化合物来缓解低血糖，此类阿卡波糖主要的副作用为胃肠道反应和腹部产气增加导致明显的腹胀排气增多的副作用，其中阿卡波糖以控制餐后血糖更加有效和有意。