咽喉炎和扁桃体发炎，首先发病部位不相同。咽喉炎，是咽喉部的粘膜、粘膜下组织以及局部淋巴组织的急慢性炎症；扁桃体发炎是双侧腭扁桃体的急慢性炎症。两者都可能会导致明显的咽痛症状。咽喉炎患者会发现咽喉部粘膜充血肿胀，还会伴有不同程度的淋巴滤泡增生，也可能会有声带的充血、肿胀以及声带小结、声带息肉的情况。扁桃体发炎患者会检查发现两侧扁桃体充血肿胀，还可能会出现扁桃体的化脓性感染，需要通过检查加以鉴别诊断。