甲硝唑和替硝唑的治疗作用几乎是相同的，对于治疗肠道炎症和滴虫病作用是差不多的，原理也大体相同。对于脑膜和肠道寄生虫的，药理作用，替硝唑做要优于甲硝唑。甲硝唑是硝基咪唑类的第一代，而替硝唑是第二代，对血脑屏障的穿透性较甲硝唑高一些，替硝唑的临床效果明显优于甲硝唑，而且副作用也要少得多，替硝唑可以通过血胎盘屏障，在胎儿的胎盘中达到高浓度，而对于阴道滴虫来说与甲硝唑的作用是相仿的。