肺囊虫感染的症状主要表现为明显的突然发生的发热、咳嗽、呼吸困难，甚至发干。患者往往是有免疫功能低下或者缺陷的症状，其往往在数天内发现严重的呼吸困难。在肺部影像学的表现较临床表现相对较迟，同时肺部影像学表现为弥漫间质性的渗出，重症患者会出现多发的实片状改变。患者有明显的呼吸困难，要给予积极的抗感染治疗，如磺胺、卡泊芬净等抗感染治疗，同时如果患者呼吸困难严重，必要时要给予气管插管接呼吸机辅助通气来改善患者的严重呼吸衰竭。