龟头疼痛的原因有：1、过度的物理刺激或者化学性刺激都可以导致局部疼痛，如过度手淫、摩擦或者使用刺激性的物体清洗龟头，如不慎使用酒精刺激龟头会造成局部的疼痛感。2、如果患有龟头炎时也会造成龟头疼痛，多伴有龟头发红或者肿胀，严重时甚至可以出现龟头糜烂、渗出等。3、不洁的性接触，患有性病时也可以出现龟头疼痛，并且伴有脓性分泌物由尿道口流出，或者龟头上分布白色的分泌物等，需要进一步进行性传播疾病的检测来确诊。4、如果存在有尿道的病变，尤其是前尿道病变，如尿道炎或者尿道结石等可以造成龟头放射性疼痛，都会伴有排尿的异常，如尿急、尿痛或者尿道口分泌物增多、尿道口出血等。