角膜炎的治疗根据类型不同而有所不同。细菌性角膜炎应争取在抗菌药物治疗前迅速从浸润灶刮取标本涂片染色找细菌以及细菌培养和药敏试验。对于未能确定致病菌及其敏感药物者，应尽快采用广谱高效的抗菌药物治疗。治疗过程中可根据细菌学检查和药敏试验结果来调整用药，严重者则需要口服抗菌药物治疗。真菌性角膜炎主要眼部滴用抗真菌药物和眼膏治疗。病毒性角膜炎，局部滴用抗病毒药物，必要时可口服环鸟苷等抗病毒药。